姓名:陈挺

职称:教授

电话:010-62787101

邮箱:tingchen AT tsinghua dot edu dot cn

URL:http://timlab.cn/

 

教育背景

工学学士 (计算机科学), 清华大学,中国,1993;

哲学博士 (计算机科学),纽约州立大学石溪分校,美国,1997;

工作履历

讲师 (遗传学),哈佛大学医学院(Harvard Medical School), 美国, 1997-2000;

教授(生命科学,计算机科学,数学),南加州大学(USC),美国,2000-2016;

教授(计算机科学),清华大学,中国 2013-至今 

学术兼职

清华大学数科院  健康医疗大数据中心:主任 (2016-);

研究领域

生物信息,医学信息,计算机算法,机器学习

研究概况

陈挺教授现为清华大学计算机科学与技术系千人计划教授。同时在北京信息科学与技术国家研究中心,清华大学智能技术与系统国家重点实验室,清华大学人工智能研究院任职。担任清华大学数据科学研究院,医疗和健康大数据研究中心主任。1988年保送进入清华大学计算机系学习,1993年获学士学位,1997年获美国纽约州立大学石溪分校(Stony Brook University)计算机科学博士学位。1997至2000年,任美国哈佛大学医学院(Harvard Medical School)遗传学讲师;2000至2016年,历任美国南加州大学(University of Southern California)生命科学系,计算机科学系,数学系助理教授、副教授、正教授,曾经担任南加州大学计算生物学部主任(相当于系主任)。

陈挺教授长期研究大数据高效算法设计和机器学习,并应用于研究人类基因组、转录组和蛋白组的高通量大数据分析和功能预测。在生物调控系统的数学模型、蛋白质组学以及质谱仪数据处理、高通量基因组测序数据处理、宏基因组数据处理,复杂疾病的遗传学研究、医学信息处理等方面均取得了一系列重要的研究成果。主持及参与美国自然科学基金会(NSF)、美国国家卫生研究院(NIH),中国自然科学基金(NSFC)等项目十余项。在Science、Nature Communications、PNAS、Genome Research、American Journal of Human Genetics, Cell Systems, Genome Biology等国际著名期刊发表学术论文100余篇,被引超过10000次(Google Scholar),其中19篇论文被引用超过100次。

2004年获得美国史隆基金会研究奖(Sloan Fellow)。

 

 

奖励与荣誉

2004年获得美国史隆基金会研究奖(Sloan Fellow)

学术成果

1.Liu Z, Lou H, Wang H, Xie K, Chen N, Aparicio O, Zhang M, Jiang R* and Chen T* (2017) Reconstructing Cell Cycle Pseudo Time-Series via Single-cell Transcriptome Data. Nature Communications. 2017 Jun 19;8(1):22. DOI: 10.1038/s41467-017-00039-z

2.Yang Y, Chen N*, Chen T* (2017). mLDM: a new hierarchical Bayesian statistical model for sparse microbial association discovery. Cell Systems. Volume 4, Issue 1, p129–137.e5, 25 January 2017.

3.Jiang L, Chen N* and Chen T* (2016) DACE: A Scalable DP-means algorithm for clustering extremely large sequence data. Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btw722.

4.Zeng F, Jiang R* and Chen T* (2013)  PyroHMMSNP: a SNP caller for Ion Torrent and 454 Sequencing Data. Nucleic Acid Research. 1-13, doi:10.1093/nar/gkt372.

5.Lehmann K and Chen T* (2012)  Exploring functional variant discovery in non-coding regions with SInBaD. Nucleic Acid Research, August 31, 2012 doi:10.1093/nar/gks800.

6.Hao X, Jiang R, and Chen T* (2011) Clustering 16S rRNA for OTU prediction: a method of unsupervised Bayesian clustering. Bioinformatics. 2011 Mar 1;27(5):611-8. Epub 2011 Jan 13.

7.Chen Y, Souaiaia T, and Chen T* (2009) PerM: Efficient Mapping of Short Sequencing Reads with Periodic Full Sensitive Spaced Seeds. Bioinformatics. 25(19):2514-21.

8.Wang L, Sun F and Chen T*. (2008) Prioritizing functional modules mediating genetic perturbations and their phenotypic effects: a global strategy. Genome Biology. 9:R174, 2008.

9.Jiang R, Yang H, Kuo J CC, Sun F and Chen T*. (2007) Sequence-based prioritization of nonsynonymous single nucleotide polymorphisms for the study of disease mutations. American Journal of Human Genetics. 2007 Aug;81(2):346-60.

10.Jiang R, Tu Z, Chen T* and Sun F*. (2006) Network Motif Identification in Stochastic Networks. The Proceeding of National Academy of Sciences (PNAS). 2006. vol 103 no 2 page 9404-9. (* corresponding authors)