姓名:陈挺

职称:教授

电话:010-62787101

邮箱:tingchen@tsinghua.edu.cn

 

教育背景

工学学士 (计算机科学), 清华大学,中国,1993;

哲学博士 (计算机科学),纽约州立大学石溪分校,美国,1997;

工作履历

讲师 (遗传学),哈佛大学医学院, 美国, 1997-2000;

教授(生命科学,计算机科学,数学),南加州大学,美国,2000-2013;

千人计划教授(计算机科学),清华大学,中国 2013-

 

 

学术兼职

清华大学数科院  健康医疗大数据中心:主任 (2016-);

 

研究领域

生物信息,医学信息,计算机算法,机器学习

 

研究概况

陈挺教授2013年入选国家第九批千人计划,现为清华大学数据科学研究院,医疗和健康大数据研究中心主任。任职于清华大学信息科学与技术国家实验室、生物信息研究部,清华大学计算机科学与技术系、智能技术与系统国家重点实验室。1988年保送进入清华大学计算机系学习,1993年获学士学位,1997年获美国纽约州立大学石溪分校计算机科学博士学位。1997至2000年,任美国哈佛大学遗传学讲师;2000至2013年,历任美国南加州大学(University of Southern California)生命科学系,计算机科学系,数学系助理教授、副教授、正教授,曾经担任南加州大学计算生物学部主任(相当于系主任)。

陈挺教授长期研究大数据高效算法设计和机器学习,并应用于研究人类基因组、转录组和蛋白组的高通量大数据分析和功能预测。在生物调控系统的数学模型、蛋白质组学以及质谱仪数据处理、高通量基因组测序数据处理、宏基因组数据处理,复杂疾病的遗传学研究,医学信息处理等方面均取得了一系列重要的研究成果。负责及参与美国自然科学基金会(NSF)、美国国家卫生研究院(NIH),中国自然科学基金(NSFC)等项目十余项。在Science、PNAS、Genome Research、American Journal of Human Genetics, Cell Systems, GenomeBiology等国际著名期刊发表学术论文90余篇,被引超过10000次(Google Scholar),其中19篇论文被引用超过100次。2004年获得美国史隆基金会研究奖(Sloan Fellow)。

 

奖励与荣誉

2004年获得美国史隆基金会研究奖(Sloan Fellow)

 

学术成果

1.Yang Y, Chen N*, Chen T* (2017). mLDM: a new hierarchical Bayesian statistical model for sparse microbial association discovery. RECOMB 2016.Cell Systems. Volume 4, Issue 1, p129–137.e5, 25 January 2017.

2.Jiang L, Chen N* and Chen T* (2016) DACE: A Scalable DP-means algorithm for clustering extremely large sequence data. Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/btw722.

3.Zeng F, Jiang R* and Chen T* (2013)  PyroHMMSNP: a SNP caller for Ion Torrent and 454 Sequencing Data. Nucleic Acid Research. 1-13, doi:10.1093/nar/gkt372.

4.Lehmann K and Chen T* (2012)  Exploring functional variant discovery in non-coding regions with SInBaD. Nucleic Acid Research,August 31, 2012 doi:10.1093/nar/gks800.

5.Hao X, Jiang R, and Chen T* (2011) Clustering 16S rRNA for OTU prediction: a method of unsupervised Bayesian clustering. Bioinformatics. 2011 Mar 1;27(5):611-8. Epub 2011 Jan 13.

6.Chen Y, Souaiaia T, and Chen T* (2009) PerM: Efficient Mapping of Short Sequencing Reads with Periodic Full Sensitive Spaced Seeds. Bioinformatics. 25(19):2514-21.

7.Wang L, Sun F and Chen T*. (2008) Prioritizing functional modules mediating genetic perturbations and their phenotypic effects: a global strategy. Genome Biology. 9:R174, 2008.

8.Dutta D. and Chen T*. (2007) Speeding up Tandem Mass Spectrometry Database Search: Metric Embeddings and Fast Near Neighbor Search. Bioinformatics 2007; Mar 1;23(5):612-8.

9.Jiang R, Yang H, Kuo J CC, Sun F and Chen T*. (2007) Sequence-based prioritization of nonsynonymous single nucleotide polymorphisms for the study of disease mutations. American Journal of Human Genetics. 2007 Aug;81(2):346-60.

10.Jiang R, Tu Z, Chen T* and Sun F*. (2006) Network Motif Identification in Stochastic Networks. The Proceedingof National Academy of Sciences (PNAS). 2006. vol 103 no 2 page 9404-9. (* corresponding authors)