我系进行组织机构改革，撤销原有的9个教研组，成立6个研究所，分别是：高性能计算研究所、计算机网络技术研究所、计算机软件研究所、人机交互与媒体集成研究所、智能技术与系统国家重点实验室、国家CAD支撑软件工程技术研究中心，另外，还成立教学实验室与培训中心。系机关组成行政办公室、教学办公室、学生办公室三个办公室开展工作。

当年在国家信息领域立项的3项973计划项目中，我系共承担9个子课题，合同总经费达2710万元，在全校各兄弟和国内同行中名列前茅。在985工程项目中，我系共承担13项，合同总经费达3155万元。是年，李三立院士主持完成具有220个CPU的“自强2000”集群式高性能计算机，这是国内最早完成的少数两三台较大集群式高性能计算机之一。张钹院士负责的“地面军用智能机器人”获得国家科技进步三等奖。刘斌负责的“面向ISND的并行多功能单板智能交换器”获得国家技术发明三等奖。沈美明、温冬婵、贾仲良的《IBM-PC汇编语言程序设计》获得国家科技进步三等奖、教育部科技进步一等奖。

3月，校务会批准签订了“中央广播电视大学与清华大学联合开展专科起点本科开放教育试点工作协议书”。试点专业为“计算机科学与技术”，由计算机系负责组织。我系与中央电大共同制定了专业设置方案、教学计划、课程大纲、考核说明、教学实施方案等，并迅速开出了10门专业基础课和专业课作为电大系统的统设必修课。参与电大课程建设的主编主讲教师有唐龙、王萍（面向对象程序设计），王诚（计算机组成原理），史嘉权（数据库概论），马群生、温冬婵（微计算机技术），吴企渊（计算机操作系统），吴企渊、尹霞（计算机网络），殷人昆（数据结构），徐明星（信号处理原理），钟玉琢（多媒体技术及应用），郑纬民（计算机系统结构）。后期黄震春、毛希平也参加了教学工作。

到当年为止，我系先后和国外公司建立了多个联合实验室及培训中心：清华—英特尔公司多媒体技术实验室、清华—微软多媒体技术实验室、清华—摩托罗拉联合实验室、清华—SUN计算机网络技术研究实验室、清华—AST株式会社知识工程联合实验室、清华—英特尔新技术研究中心、清华—康柏培训中心、清华—天腾培训中心，以及数据安全研究中心。

孙家广当选中国工程院院士。吴建平获聘“长江学者奖励计划”特聘教授，这是我系教师首次获得该项荣誉。应明生进入清华大学“百人”计划，马少平获得清华大学学术新人奖。吴建平当选亚太地区先进网络学会副主席。我系朱志刚的博士学位论文《视觉导航中环境建模的研究》（指导教师：石纯一、徐光祐）获得全国百篇优秀博士学位论文，这是我系首次获得该项荣誉。

我系实行研究生纵向班集体建设，研究生不再按照入学年份建立研究生班级，而是按照所属的研究所进行班级建设，组成了6个研究生党支部和13个研究生班级。研究生纵向集体在我系后续的研究生工作中发挥了重要作用。我系学生在清华第十七届学生科技作品评比中名列总分第一，再次捧得清华“挑战杯”。我系79名师生参加了国庆50周年庆典的游行活动，14名师生参加国庆天安门广场的联欢活动。第二届两岸清华学生程序设计大赛在台湾新竹举行，系主任周立柱带队进行交流比赛。是年，我系试行本硕贯通学制，1995级5字班直硕（博）生自该年9月开始进入研究生阶段学习。周枫获得清华大学特等奖学金。

年底，系党委书记张凤昌调入清华大学美术学院工作，林学訚代理书记。

IBM-PC汇编语言程序设计”获教育部科技进步一等奖

系党委书记张凤昌(后排左六)到三堡参加辅导员工作研讨会

参加50周年国庆游行的学生与老师在9号楼前整装待发

我系94级本科学生毕业合影（二排右十二为系主任周立柱，右十三为系党委书记张凤昌）

1999届硕士生毕业合影（前排右十为系主任周立柱，右十一为系党委书记张凤昌）