我国第一台基于“互联网协议第6版”——IPv6的核心路由器BE12000由我系和清华紫光比威公司共同研制成功，并应用于我国下一代互联网示范工程CNGI核心主干网CERNET2等项目的建设，标志着我国下一代互联网关键技术获得重大突破。该项目和相关技术获得信息产业部信息产业重大技术发明奖、通讯协会科学技术奖一等奖等奖项。张尧学负责的“基于索普卡(SOPCA)网络结构的索普卡电脑”获得国家技术发明二等奖。应明生负责的“面向复杂特征的形式化方法及其逻辑基础”获得教育部提名国家自然科学一等奖。李三立院士研制成功“自强3000”超级计算机，其在国际权威超级计算机“世界500强”排行榜中排名第159位。当年我系在国家自然科学基金评审中获得资助23项，是历史上最多的一年，一批青年教师脱颖而出。我系六位教授当选第八届中国计算机学会理事，郑纬民当选副理事长，林闯任常务理事，胡事民任副秘书长。孙富春、史元春入选教育部新世纪优秀人才支持计划，这是我系教师首次获得该项荣誉。
我系召开计算机学科发展战略研讨暨科研成果汇报会。8月，由我系承办的第七届全国高校计算机系主任(院长)论坛在我校召开。国内120多所大学的200多名系主任、院长到会。我校校长顾秉林院士和中国计算机学会理事长李国杰院士分别在开幕式上致辞。国务院信息办副主任杨学山、教育部副部长赵沁平分别做了论坛主题报告。本次论坛以“面向二十一世纪的本科教育”为主题，重点对计算机本科教育进行深入的研讨，讨论的主题包括：专业设置、课程体系和课程内容、毕业设计、多层次人才培养、教材建设等。
是年，我系蔡莲红获得“新世纪巾帼发明家”称号。智能技术与系统国家重点实验室在“国家重点实验室计划20周年、973计划5周年表彰大会”上获得先进集体奖——“金牛奖”，贾培发获先进个人奖，应明生获973计划先进个人奖。
计04班郑晓博当选清华大学学生会主席。第六届两岸清华学生程序设计大赛在台湾新竹举行，系主任林闯带队进行交流比赛。计研4班获得“2003-2004年度全国优秀班集体”称号。“计算机基础教学系列课程与实验基地建议”、“《程序设计基础》课程改革”和“大力加强教学资源建议，实现计算机组成原理课程教学模式的重大变更”获得北京市教学成果一等奖。
系党委根据《中共中央国务院关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见》(中发[2004]16号)的精神，制定了《计算机系关于进一步加强和改进学生思想政治工作的意见》，以“两个拥护、两个服务”的思想政治教育目标要求来培养学生。
智能技术与系统国家重点实验室获国家重点实验室先进集体奖——金牛奖
张尧学负责的“基于索普卡（SOPCA）网络结构的索普卡电脑”获2004年度国家技术发明二等奖
应明生负责的“面向复杂特征的形式化方法及其逻辑基础”获2004年度教育部提名国家自然科学奖一等奖
图灵奖获得者姚期智院士在计算机学科发展战略研讨会上做报告
教育部长周济（右）在CNGI-CERNET2试验网开通仪式上听取我系吴建平（左）的情况汇报
我系举办第七届全国计算机系主任(院长)论坛
我系学生参加暑期实践
计7(1987级)同学认养9号楼北侧梧桐树为计7纪念树，校办主任白永毅(二排右五)，信息学院党组书记贾培发(二排右七)，系党委书记杨士强(二排右八)出席纪念树揭牌仪式
我系国防生参加“携笔从戎，青春献国防”主题班会
我系本科生新生接受外语强化训练
2000级本科学生毕业合影（前排右九为党委书记杨士强）
